Estudo de caso TGen

O surto de 2020 da pandemia COVID-19 (SARS-CoV-2) uniu o mundo em uma luta comum, na vanguarda da qual estão os trabalhadores médicos, pesquisadores e cientistas. Como uma organização dedicada a "conduzir pesquisas inovadoras com resultados de mudança de vida", o Translational Genomics Research Institute (TGen), uma afiliada da City of Hope, faz parte da comunidade médica global que busca ativamente maneiras de tratar e eliminar COVID- 19

O TGen é um instituto de pesquisa com sede no Arizona que conduz pesquisas sobre várias doenças humanas e formas de câncer desde 2002. Para ajudar na luta global contra o COVID-19, o TGen está trabalhando para desenvolver um conjunto de dados centralizado e agregado que pode puxar automaticamente o COVID- 19 genomas sequenciados e outros dados relacionados de fontes múltiplas. Este conjunto de dados pode ajudar a melhorar a pesquisa, análise de dados e aumentar a compreensão do genoma viral.

DESAFIOS

  • Ausência de um repositório compartilhado de dados do genoma SARS CoV-2 e metadados relacionados
  • Processos de análise de dados demorados
  • Dificuldades em compartilhar conhecimento entre pesquisadores globalmente
  • Recursos de infraestrutura limitados para executar diversos fluxos de trabalho computacionais

SOLUÇÃO

phoenixNAPcostume de Hardware-as-a-Service soluções com CPUs Intel Xeon Dual Gold 6258R, Intel NVMe (P4610) usando Intel VROC, Intel NICs e memória persistente Intel Optane, expandindo a capacidade de memória (128Gb DRAM + 1536GB Intel PMem); Produtos de switch Ethernet programável Intel® Tofino ™.

PREÇO/ RESULTADOS

  • Processamento de dados rápido com Intel PMem em comparação com RAM tradicional
  • Plataforma centralizada para acesso e análise de dados globais
  • Banco de dados integrado para pesquisas mais eficientes em escala global
  • Infraestrutura otimizada para cargas de trabalho de computação pesada

"Peneirar dados genéticos em busca de informações úteis é crucial para ajudar a levar tratamentos aos pacientes mais rapidamente, e estamos entusiasmados em trabalhar com a Intel utilizando tecnologias como a memória persistente para acelerar não apenas o ritmo da descoberta, mas também nossa capacidade de encontrar respostas nos dados. A TGen está ansiosa para alavancar a Memória Persistente da Intel para acelerar o desempenho do banco de dados genômico."

-James Lowey, CIO, TGen